À Secretaria de Educação e Cultura compete executar as atividades relativas à educação; entrosar-se com o Ministério da Educação e com a Secretaria de Educação do Estado, para execução de programas educacionais; coordenar as ações dos corpos docente e discente, traçando em conjunto com estes as normas para a supervisão, execução do planejamento e serviços, instalando e mantendo os estabelecimentos de ensino, dotando-os de infraestrutura adequada e atendendo aos programas; atuar, junto às escolas e comunidades, desempenhando ainda as demais tarefas que lhe forem destinadas pelo Prefeito Municipal (Lei Complementar nº 001/2009).

Possui a seguinte estrutura básica:
- Departamento de Educação Infantil e de Ensino Fundamental
- Departamento de Orientação e Assistência ao Educando e Educadores

A Secretaria de Educação e Cultura localiza-se no andar superior da Prefeitura Municipal:

Secretaria Municipal de Educação e Cultura
Endereço: Rua Prefeito Acácio Delmonego 316 - 1º andar - Centro
São João do Itaperiú - SC
CEP: 88395-000
Fone: (47) 3458-0010  Ramal 219